在經過了連續多次的戰亂之後,地球的環境日益惡化而荒廢。人類為了實現移居月球的計劃而開始建造月球通道,這項計劃便稱為「雅科布計畫」,並且在軌道輸送帶完成後開始正式執行。同時間許多的「新世代思考型機器人」也為了建設基地而被送往了雅科布基地。
然而,在一次軌道輸送貨櫃墬落的意外中,艾克斯竟然意外的發現一批新世代思考型機器人擁有著複製 DNA 晶片的能力。更危險的是,這批思考型機器人竟然能夠輕易地複製了應該已經被完全消滅的「西格瑪」的 DNA。
而緊接著各地也紛紛傳出了新世代思考型機器人發生暴動的事件,到底各地的騷亂只是單純的暴動?或者是西格瑪的黑影試圖藉由複製 DNA 來感染新世代思考型機器人以悄悄復活?宇宙開發盛行的背後與新智慧型機器人的大量生產是否隱藏著不為人知的陰?#092;?
為了找出幕後的真相並且平定各地的動亂。艾克斯再次帶領著傑洛和艾克賽爾展開了通往宇宙的冒險。